药用石斛为多年生植物，每年春季或夏季，从茎基部萌发出很多新芽。同时，在生长一年的药用石斛茎干上分化出很多花芽，甚至有些生长了3年的药用石斛茎干上也会形成花芽，这些花芽逐渐发育成一朵花或一个花序。在生殖生长后期，随着花或花序的枯萎脱落，最后只剩下花梗或花序柄残留部分。
通常情况下，具有花梗或花序柄残留的茎干基本上结束了两年的生长期，或者已进入第3年的生长阶段。具有开花的茎干为二年生或三年生茎干，至于是否属于两年生还是三年生，还要观察其彼此排列顺序，或以离当年长出的新芽远近来判断。
不同生长年限药用石斛茎干的颜色及质地是有一定差异的：生长一年的茎干呈深绿色，叶鞘和叶片均存在，质地柔软;二年的茎干颜色通常浅绿色，有些药用石斛品种从第2年开始叶片脱落，但叶鞘通常宿存，质地比较坚硬;三年的茎干通常呈浅黄色或灰褐色，多数药用石斛的叶片和叶鞘均脱落，茎表面光滑或有纵沟。不同的药用石斛品种其颜色变化在细节和明显程度上可能会稍有不同。
经多次观察发现，药用石斛每年萌发出的新芽着生位置有一定的规律：每年春季或夏季是药用石斛萌发新芽的主要季节，新萌发的嫩芽通常位于一年生茎干旁边，通常只有萌发一个芽，如果石斛生长的环境条件优越，每年可能长出2个或2个以上的新芽。这是鉴别不同生长年限石斛茎干的比较准确的方法。因为靠近新芽的茎干通常完成了一年的生长时期，也就是一年生茎干，而一年生茎干旁边的就是二年生茎干，依此类推，能够准确鉴别不同生长年限石斛茎干。